《教育规划纲要》在谈到“育人为本”的工作方针时，提出“把促进学生健康成长作为学校一切工作的出发点和落脚点”，用“健康成长”取代了征求意见稿中的“成长成才”；在谈到“增强学生体质”的改革措施时，增加了“不断提高学生体质健康水平”。 这些改动突出体现了“育人为本”的理念，也十分针对我国青少年成长的现状。近年来，我国青少年体质不断下降，令人担忧。最近一次全国青少年体质健康调查报告表明，学生肥胖人数在过去5年内迅速增加，1/4的城市男生是“胖墩”；眼睛近视比例，初中生接近60％，高中生为76％，大学生高达83％。这些都严重影响着青少年的健康。
针对社会热议的“学校去行政化”问题，征求意见稿提出要“逐步取消实际存在的行政级别”，正式文本删去了“逐步”二字。 不久前发布的《国家中长期人才发展规划纲要（2010～2020年）》提出，克服人才管理中存在的行政化、“官本位”倾向，取消科研院所、学校、医院等事业单位实际存在的行政级别和行政化管理模式。《教育规划纲要》的正式文本在提到“高校去行政化”时，增加了“随着国家事业单位分类改革推进”这样的前提条件，与《人才规划纲要》衔接起来。
《教育规划纲要》正式文本在“落实和扩大学校办学自主权”中，增加了“自主设置和调整学科、专业”。
除了“推进义务教育均衡发展”、“健全国家资助政策体系”外，《教育规划纲要》在高考、就业这两个关系教育公平的重要问题上也作出了更加详尽的修改。
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